1989年，孔琳首次在李少红导演的影片《血色清晨》中，扮演农村姑娘红杏。1990年，孔琳在张艺谋导演的影片《大红灯笼高高挂》中扮演小丫头雁儿。1992年，孔琳任电影《不能没有爱》女主角，随后，在李冉冉执导的电视剧《青春不会等待》中，饰演童樱。1994年，孔琳在第六代导演管虎的影片《头发乱了》中饰演女主角。一个酷爱摇滚音乐的医学院学生1997年，孔琳又出演了管虎导演的另一部影片《浪漫街头》演一个斯文的女大提琴。2003年，1月参演由古龙小说改编而成的内地版古装武侠剧《萍踪侠影》，饰演叶盈盈 ；7月，参演王晶执导的古装武侠玄幻剧《大唐双龙传》，饰演贞嫂 ；同年，拍摄纪实悬疑剧《24小时警事》饰演廖欣颐 。2004年，4月拍摄国庆55周年献礼剧《国家使命》，饰演田大秀 ；7月，搭档张卫健、谢霆锋、范冰冰共同拍摄，王晶执导的古装武侠剧《小鱼儿与花无缺》，饰演邀月宫主 ；10月，与黄晓明、亦亦菲、杨幂共同拍摄，根据金庸著作改编的内地版《神雕侠侣》，饰演黄蓉 ；然后，搭档刘佩琦拍摄平民情感剧《好好过日子》，饰演金玲 。2006年，8月拍摄讲述解放军改造妓女故事的作品《红粉》，饰演郑敏 ；然后，又在史晨风执导的情感悬疑剧《张礼红的现代生活》里面，饰演孙波 ；12月，参与郭涛自导自演的，家庭温情伦理剧《给婚姻放个假》饰演黎佳 。2007年，3月搭档贾乃亮拍摄改编自香港作家李碧华同名小说的民国人文戏《生死桥》饰演红莲 ；10月，参与拍摄谍战剧《长江一号》饰演胡寡妇 。2009年，5月接拍商战悬疑剧《黄金地带》饰演夏吟 ；9月，与陆剑民合作拍摄翻拍剧《新世间路》饰演江月明 。2010年，3月拍摄内地情感剧《傻春》饰演理性文艺的二姐赵素眠 ；同年，还与张国立搭档参演家庭温情剧《养父》饰演马丽华 ；9月，又与陈浩民搭档，参演古装玄幻剧《济公活佛》饰演佟玉霞 。2011年，2月参与公安题材电视剧《深度秘密》饰演心理辅导师冯倩 ；3月，与孙洪涛主演《幸福一条街》饰演喜感十足的“喜剧达人”英子 ；6月，拍摄以广州市公安局便衣侦查支队为创作原型，讲述他们工作和生活故事的作品《便衣支队》饰演警嫂金燕燕 ；7月，搭档黄觉、王海珍、张佳宁参演《谁解女人心》饰演一位非常有思想的都市女强人梅美 ；10月，参与围绕着80后时下热门的，婚姻情感故事的作品《首付》饰演林娇娥 。2012年，4月出演现代家庭剧《妈妈圈的流言蜚语》饰演女强人夏爱武 ；9月，与陶红、杨议共同参演的家庭轻喜剧《加油金多宝》饰演一位干练、霸道的销售总监董云 ；10月，参演家庭情感剧《你是我的亲人》饰演吴桂芝 。2014年5月，与赵薇共同主演都市情感剧《虎妈猫爸》 ；和李小冉、王志文、俞飞鸿共同拍摄“老少恋”话题的作品《大丈夫》饰演女土豪赵舒雅 。