1990年电影《错转乾坤，时来运转》上映，这部影片的前制论述是J·J·艾布拉姆斯和Jill Mazursky在他大二那年一起撰写的。这也是他第一部被制作出来的电影，由詹姆斯·贝鲁什和查尔斯·格罗丁主演。 1991年，担任哈里森·福特主演影片《关于亨利》的编剧和制作人，并出演了这部影片。1992年，担任梅尔·吉布森主演影片《天荒情未了》的编剧和制作人。1993年，与威尔·史密斯共同出演电影《六度分离》。1994年，为影片《未来冲击》创作了原创音乐。1996年，任马特·里夫斯执导的喜剧影片《出殡抱佳人》的制作人，同年出演影片《孽迷宫》。1997年，担任乔·佩西主演的喜剧电影《妙趣钓鱼三人行》的编剧。 1998年，J·J·艾布拉姆斯开始进军电视圈，子承父业，踏出了电视制作人的第一步。他和马特·里夫斯联合主创了电视剧《幸福》，这部电视剧在CW的前身The WB Network播出了4季。 同年与杰瑞·布鲁克海默以及迈克尔·贝合作了《绝世天劫》，任本片编剧，影片在票房上获得了肯定，但艾布拉姆斯却因而在当年提名金酸莓奖最差编剧。 同年，他还成立了自己的制作公司Bad Robot Productions（）。 2001年，坏机器人公司制作的首部电视剧《双面女间谍》播出，J·J·艾布拉姆斯执导了其中的五集，并担任了编剧及制作人，并亲自谱写了主题曲。这也是他的首部电视剧作品。同年，他还担任了保罗·沃克主演的恐怖片《致命玩笑》的编剧及制作人。 2002年，凭借电视剧《双面女间谍》获得艾美奖剧情类剧集最佳编剧提名。 2003年，他客串了脱口秀节目《吉米鸡毛秀》。 2004年，J·J·艾布拉姆斯和达蒙·林德洛夫等人主创的电视剧《迷失》由美国ABC电视台首播，该剧深入探讨了信念与科学之争。J·J·艾布拉姆斯执导了该剧的前两集，并担任编剧及制作人，还为该剧录制了主题音乐并创作开场音乐，因而被称为《迷失》之父。 2005年，凭借《迷失》获得艾美奖剧情类剧集最佳导演奖，并获剧情类剧集最佳编剧提名。 2006年，J·J·艾布拉姆斯担任了电视剧《六度分离》和《最后的单身汉》的制作人。 同年受《碟中谍3》制作人及主演汤姆·克鲁斯的委托担任该片导演，这也是他的电影处女作。为了吸引艾布拉姆斯，汤姆·克鲁斯说服派拉蒙高层，让他全权负责影片的指导工作，甚至全盘否决了原来的剧本，一切由J.J.说了算。该片获得了成功，连续两周蝉联北美票房首位。 2008年9月9日，J·J·艾布拉姆斯联手艾里克斯·库兹曼与罗伯托·奥奇共同推出了科幻剧集《危机边缘》，该剧沿袭了他一贯神秘悬疑的叙事风格。 同年制作怪兽片《科洛弗档案》，该片由他和老搭档德鲁·高达创作故事大纲，并由童年好友马特·里夫斯担纲导演。影片用便携式摄影机拍摄的创意也是艾布拉姆斯提出的。 2009年，J·J·艾布拉姆斯接棒《星际旅行》系列影片，执导该系列第11部《星际迷航》，他选择重启这一故事，并大胆启用年轻演员，该片赢得了票房和口碑。 2010年，制作电视剧《退休卧底》和哈里森·福特、瑞秋·麦克亚当斯主演的影片《早间主播》。 同年入选英国《卫报》评选的当代电影力量100强，排在第13位。 6月11日担任电影《碟中谍4》的制片人。 2011年6月10日，J·J·艾布拉姆斯执导、史蒂文·斯皮尔伯格担任制片人的科幻影片《超级8》上映，在该片中他用最擅长的科幻方式还原了自己的童年。 9月22日，J·J·艾布拉姆斯和克里斯托弗·诺兰的弟弟乔纳森·诺兰合作出品的警匪题材电视剧《疑犯追踪》在CBS电视台播出。 2012年1月16日，J·J·艾布拉姆斯担任制作人的电视剧《恶魔岛》播出。 9月7日，J·J·艾布拉姆斯与埃里克·克莱普克合作打造的科幻电视剧《灭世》播出，该剧描述了一个没有电力的末日世界。 9月13日签约CAA（Creative Artists Agency）。 11月6日被美国导演工会授予“诺曼·李尔电视成就奖”。 2013年1月26日，迪士尼和卢卡斯影业宣布由J·J·艾布拉姆斯担任《星球大战7》的导演及制片人。 5月2日，艾布拉姆斯执导的“星际迷航”第十二部《星际迷航：暗黑无界》首映，该片重现了60年代系列诞生初期的风格。11月18日，J·J·艾布拉姆斯与《危机边缘》执行制作人J·H·怀曼等合作的警匪科幻电视剧《机器之心》在FOX电视台播出。 11月25日被授予国际艾美奖奠基人大奖。 2014年3月10日，艾布拉姆斯担任制作人的电视剧《信徒》播出。 5月14日，他执导的影片《星球大战7》正式开机。 11月1日，《星球大战7》杀青。 2015年1月15日，J·J·艾布拉姆斯出席第87届奥斯卡金像奖的新闻发布会，公布提名名单。 2015年2月，J·J·艾布拉姆斯的公司“坏机器人”宣布与派拉蒙续约到2018年7月份。 2015年J·J·艾布拉姆斯以制片人的身份加盟《星际迷航3》的制作，影片将于2016年7月22日上映。