1990年自筹资金独立完成影片《妈妈》，该片是中国的第一部独立电影 。成为该届电影学院毕业生的第一部作品，影片刚完成就遭禁 。1991年执导的影片《妈妈》在法国南特三大洲电影节中获评委会大奖和公众奖。同年为崔健拍摄的音乐录像片《快让我在雪地上撒点》获美国音乐录像片年奖最佳亚洲音乐录像片奖 。1992年他执导的第二部独立制作影片《北京杂种》反映了中国当代青年的精神状态，被认为是中国第一部摇滚影片，同样也被禁演，他亦被禁止再从事电影工作。5月完成艾敬歌曲《我的1997》的MTV。同年影片《妈妈》在爱丁堡电影节上获得欧洲影评人费普里希奖 。1993年影片《北京杂种》获得瑞士洛迦诺国际电影节评委会特别奖 。同年为崔健拍摄的音乐录像片《一块红布》在美国三藩市电影节上夺得了金门特别奖。之后为陈劲首张专辑的同名歌曲《红头绳》拍摄MTV。1994年和导演段锦川联合拍摄完成纪录片《广场》 ，以及崔健的MTV《飞了》。1995年元月张元完成罗琦MTV《随心所欲》。1996年张元与布鲁塞尔艺术节共同制作了第一部戏剧《东宫西宫》，并摄制完成同名影片 。戏剧《东宫西宫》参加了比利时布鲁塞尔艺术节、法国巴黎秋天艺术节、巴西圣保罗艺术节的演出，电影《东宫西宫》获得1996年阿根廷Mardel Plata Film Festival国际电影节获最佳导演、最佳编剧奖项。1997年同志题材影片《东宫西宫》正式入选法国嘎纳电影节“一种注视”单元 。1998年2月底中国广播电影电视部发布解禁令，恢复张元参加国内影视片单位摄制影视作品的资格 。之后与西安电影制片厂联合摄制故事片《过年回家》，该片获第56届威尼斯电影节最佳导演奖 。同年完成纪录片《钉子户》，该片获得日本放送基金会一等奖。1999年张元完成纪录长片《疯狂英语》，此片参加10月日本山形国际纪录片电影节 。应邀与国际10位导演联合拍摄纪念电影诞生一百周年的短片《丹麦姑娘》 。2000年张元拍摄完成数字电影《金星小姐》 。张元应特奥会形象大使――阿诺德·施瓦辛格和中国残疾人联合会的邀请，拍摄纪录片《施瓦辛格中国行》。2001年张元完成纪录片《收养》和音乐电视片《海南，海南》的拍摄。2002年春张元应邀拍摄贝纳通全球电视广告。同年执导根据王朔小说《过把瘾就死》而改编的电影《我爱你》是日本东京国际电影节、第19届美国圣丹斯电影节正式参赛影片，该片获1600万票房，打破当年国产片的票房记录 。同年拍摄完成京剧电影《江姐》，并率同名京剧赴德国科隆现代艺术节演出 。再度与崔健合作，完成MTV《农村包围城市》。2003年执导的电影《绿茶》国内公演，影片应邀参加荷兰鹿特丹国际电影节作为展映影片，以及法国杜维尔举办的第六届亚洲电影节。同时完成二十集电视剧《闪》的制作 。2004年4月23日—30日在意大利乌迪内举行的远东电影节中，邀请了张元的三部影片《绿茶》、《我爱你》、《江姐》参展，组委会在放映期间组织张元作品特别讨论会 。2005年执导改编自王朔同名小说的电影《看上去很美》 。同年张元监制、制片京剧历史纪录片《粉墨春秋》。2007年执导电影《达达》，影片入围第十七届北京大学生电影节 。2012年张元执导的微电影试水之作《床上关系》取得了总量超过1.5亿播放量，之后又执导一部聚焦时下男女关系的微电影《艳遇》 。2013年11月8日执导的爱情电影《有种》上映，影片入围釜山电影节影展 。2014年4月张元执导首部反映母爱的公益微电影《最初的爱》 。8月张元与韩国导演裴昶浩共同任“2014年中韩未来影像人才培训课程”活动导师 。