1986年，申恩庆开始出演KBS电视剧。 1991年，出演影片《爱从现在开始》和《单车恋人》。1994年，与李政宰合演由裴昶浩执导的影片《年轻男子》，这是申恩庆的大银幕处女作。1997年，主演了由林权泽执导的剧情片《娼》，该片讲述Young Eun自少女至成人时期为娼的生涯，为了演活片中娼妓的角色，申恩庆特训了两个多月，以了解娼妓的生活及工作，获得第18届韩国青龙电影奖人气明星奖和最佳女演员奖 。1999年，申恩庆与金泰佑、金泰宇主演惊悚悬疑片《神秘空》。同年，与金太宇主演惊悚悬疑片《死亡幽灵》。2000年，与陈熙琼主演了由李元宗执导的爱情片《综合病院》，扮演了一位外表中性的洒脱女医大学生，获得第31届百想艺术大赏最佳新人女演员奖（TV部门）。2001年，与崔民秀、李应敬主演动作喜剧片《我的老婆是大佬》，扮演从小与姐姐相依为命的恩珍 。同年，与朱玄主演动作片《正义难伸》，饰演电脑专家姜警官。2002年，申恩庆与郑俊浩主演爱情喜剧片《爱你不后悔》 。 2003年，申恩庆与朴俊圭、李元钟、金仁权主演动作喜剧片《我的老婆是大佬2》，在拍摄动作戏场面时，申恩庆不甚被木屑刺入眼睛，导致一只眼睛完全丧失了视力 。同年，与申贤俊主演战争片《海底深蓝》。2005年，与韩石圭出演喜剧片《主妇问题王先生》，扮演司仪一角 。同年，与金允珍联手合演动作悬疑片《六月日记》 。此外，她还与金秀路合演浪漫喜剧《今日运势》。2006年，与金荷娜主演恐怖片 《灵》。2007年，与柳秀荣主演爱情喜剧《不良情侣》，扮演一个不想结婚但想要个孩子的时尚杂志主编 。2008年，申恩庆与柳镇、金惠子出演家庭剧《妈妈长角了》，饰演罗一石的大女儿罗英秀，该剧获得蒙特卡洛电视节3项提名 。2010年，申恩庆、郑俊浩主演了由郑允洙执导的爱情片《两个女人》，饰演产科医师素英 。2012年，与金承秀主演爱情剧《依然是你》，饰演真离婚的女人车顺英，获得SBS演技大赏（周末连续剧）优秀演技奖和十大明星奖 。4月9 日，在SBS综艺节目《Healing Camp》上，自曝惨痛手术经历，告诫观众谨慎整容 。2013年，与金载沅、赵允熙出演了由金镇万执导的悬疑剧《丑闻》，饰演天下律师事务所代表律师尹华英，获得MBC演技大赏（特别企划部门）女子最优秀演技赏 。2014年，申恩庆与王光娜、朴海美主演电视剧《妻子绯闻–起风了》。2015年，申恩庆出演电视剧《Oh我的鬼神大人》，饰演姜善宇的母亲赵惠英 。