1999年，文瑾莹参演剧情片《路上面》，正式成为童星进入演艺圈；2000年，出演爱情剧《蓝色生死恋》，饰演少年“尹恩熙”被观众熟知，该剧为2000年韩国收视冠军 。2001年，参演由尹昌范、申昌石执导的历史剧《明成皇后》，在剧中扮演“明成皇后”的少年时期；2003年，搭档林秀晶、廉晶雅、金甲洙等演员参演恐怖片《蔷花，红莲》，该片累计突破300万名观影人次 。2004年，文瑾莹与金来沅、申世京主演喜剧片《我的小小新娘》，饰演一位16岁的新娘“宝恩”一角 。凭借该片获得第25届韩国韩国青龙电影奖人气女演员奖，以及第41届韩国电影大钟奖最佳女新人奖和人气女演员奖 。2005年，主演爱情片《舞女的纯情》，饰演刻苦学跳舞的女孩“张彩琳” 一角 。同年凭借该片文瑾莹再次蝉联第26届韩国青龙电影奖和第42届韩国电影大钟奖人气女演员奖 ；2006年，在与金柱赫主演的爱情片《不需要爱情》扮演一名富家女，该影片改编自日本电视剧《不需要爱情的夏天》 。2008年，文瑾莹主演古装剧《风之画员》，该剧讲述古代知名女画家申润福悲伤的一生和历尽曲折的爱情故事。凭借该剧获得第45届韩国百想艺术大赏电视部门最佳女主角奖、SBS演技大赏最高大赏，以及与文彩元一同破例获最佳情侣奖 。2010年，3月主演爱情剧《灰姑娘的姐姐》，凭借性格倔强的“宋恩祖”一角获得KBS演技大赏最优秀女演员奖和人气奖 。7月文瑾莹搭档严基俊首次出演话剧《Closer》 。11月与张根硕主演爱情剧《玛丽外宿中》，获得第6届首尔国际电视节最佳女演员奖 。2012年，文瑾莹时隔两年携手朴施厚主演爱情剧《清潭洞爱丽丝》，饰演无限乐观女“韩世景”一角；2013年，与金范、徐贤真、李尚允等演员主演古装 剧《火之女神井儿》，饰演朝鲜史上第一位女性陶艺家“柳井”一角 。2015年，9月与宋康昊、刘亚仁参演古装片《思悼》，该影片讲述朝鲜时代英祖时期思悼世子在父王的命令下被关进米柜活活饿死的悲剧故事 。同时搭档陆星材主演悬疑剧《村庄：阿雉阿拉的秘密》，饰演一名调查杀人事件的英语教师 。年末获得SBS演技大赏优秀女演员奖和十大明星奖 。2016年，11月文瑾莹客串喜剧《明星伙伴》。12月主演话剧《罗密欧与朱丽叶》，饰演“朱丽叶”一角。 。同年确认主演由申秀媛导演的悬疑片《玻璃庭院》 。