1999年，侯怡君出演了首部电视剧《君子兰花》，从而正式进入演艺圈 。2000年，在民国情感剧《九龙传说》中担纲女主角，一人分饰二角，饰演了母亲月娘和女儿明月。2002年，出演了陈昭荣主演的三立八点档《台湾霹雳火》，在剧中饰演杨万斤的妻子林丽花 。2004年，出演了陈昭荣、叶全真主演的三立八点档《台湾龙卷风》，在剧中饰演坏女人林安娜 。2006年，受邀担任“2006动感地带娱乐英雄会100强晋级赛”的评委 。 2008年，在民视八点档《娘家》中饰演为了替自杀的哥哥偿还债务，而到酒店上班的郑凯莉 。2009年，出演了王识贤、李政颖、方馨、柯叔元主演的民视八点档《夜市人生》，在剧中饰演郑凯莉，与王识贤、王灿有对手戏 。2010年，凭借主持《猪哥会社》获得第45届金钟奖综艺节目主持人奖。2011年，客串民视八点档《父与子》，在剧中饰演名扬集团40周年庆晚宴主持人；同年，出演了首部电影《带一片风景走》，在剧中饰演女一号秀美。2012年，与何豪杰搭档主持《笑林舞功盖天下》 ；之后，出演了由柯叔元、白家绮、王建复主演的民视八点档《风水世家》，在剧中与陈宇风饰演一对恋人 ；同年，凭借主持《猪哥会社》入围第47届金钟奖综艺节目主持人奖 。2013年，在7Headlines频道发起的“想呼她巴掌的台湾恶女TOP5”网络票选活动中，侯怡君与苗可丽、丁国琳、连静雯、游诗璟被评为“经典台湾5大恶女代表” 。2014年，在除夕特别节目《民视第一发发发》带领20名舞者大跳百老汇大秀，收视率最高飙到7.69 ；同年，出演了王敬聪执导的舞台剧《台北纽约之小王的后宫任务》，这是她首次出演舞台剧 。